Die ehrgeizige Anwältin Erin Christine Bruner übernimmt die Verteidigung des Priesters Richard Moore.
Dieser wird beschuldigt, durch den Exorzismus an der 19-jährigen Studentin Emily Rose fahrlässig deren Tod verursacht zu haben. Die Aussagen der Zeugen, mit denen im Gerichtsprozess das Geschehen rekonstruiert werden soll, werden in Rückblenden visualisiert.
Der Ankläger Ethan Thomas vernimmt mehrere Ärzte und Neurologen, die eine medizinische Ursache für Emilys Tod beweisen sollen, vor allem Epilepsie und Schizophrenie. Die junge Frau brach ihr Studium ab, nachdem sie in einer Nacht um drei Uhr (die Zeit gilt als dämonische Hexenstunde, so verspotten Dämonen die Heilige Dreifaltigkeit, sie ist das Gegenstück zur Todesstunde Jesu Christi um drei Uhr nachmittags) von Wahnvorstellungen und Muskelkrämpfen befallen wurde. Sie kehrte in ihr Elternhaus zurück, wo die Ärzte sie mit einem Medikament gegen eine epileptische Psychose behandelten.
Da sich ihr Zustand jedoch nicht bessert, wird Pater Moore zu Rate gezogen. Seiner Einschätzung und seinen Beobachtungen zufolge ist Emily keine Epileptikerin, sondern von einem Dämon besessen. Deshalb unterzieht er sie mit der Zustimmung der Eltern einem Exorzismus, der allerdings fehlschlägt. Schuld an der misslungenen Austreibung sei das Medikament, weil es Emilys Gehirnaktivitäten lähme und der Exorzismus somit nicht an den Dämon herankomme.
Diese Version erzählt der Pater vor Gericht, wo er in den Zeugenstand gerufen wird. Moore möchte in dem Prozess nur eines: Die Geschichte von Emily erzählen.