Die Zwillinge Jared und Simon Grace, deren Schwester Mallory sowie deren geschiedene Mutter Helen ziehen von New York in ein altes Haus des Großonkels Arthur Spiderwick.
Das Haus steht leer, denn Arthur Spiderwick ist seit 80 Jahren verschwunden, und dessen Tochter Lucinda Spiderwick wurde nach dem Verschwinden ihres Vaters für verrückt erklärt und in ein Sanatorium eingeliefert, da sie behauptete, ihr Vater sei von Sylphen entführt worden.
Im Haus verschwinden einige Gegenstände, wofür man zuerst Jared verantwortlich macht. Jared kommt sich manchmal wie der Sündenbock der Familie vor. Auch wird er leicht zornig, dann schlägt er vor Wut auf Gegenstände ein, so auch wenn ihn seine ältere Schwester mal wieder ärgert oder man von der Scheidung seiner Eltern spricht, unter der er sehr leidet.
Der neugierige Jared forscht nach und entdeckt nicht nur das zwiegespaltene Wichtelmännchen Thimbletack (wenn er sich aufregt, verwandelt er sich in einen zornigen Irrwicht), das ihm von da an mit Rat und Tat zur Seite steht, sondern auch ein Buch über eine fantastische Welt voller Kobolde, Feen und anderer Zauberwesen, das sein Großonkel Arthur verfasst hat. Jared erzählt seinen Geschwistern von dem Buch und von Thimbletack; die halten es jedoch für Unsinn. Erst als Simon von Kobolden entführt und Mallory von ihnen angegriffen wird, glauben sie ihm. Die Kobolde gehorchen dem Oger Mulgarath, der das Buch unter seine Kontrolle bringen will, um mit dessen Wissen die Welt zu beherrschen.
Die Zwillinge und ihre Schwester können sich ins Haus flüchten, das durch einen Schutzkreis aus Pilzen gesichert ist, den die Wesen nicht übertreten können.